Dalla fondazione dell'Università di Pavia nel 1361, voluta dal duca di Milano Galeazzo Visconti e grazie al diploma di Carlo IV, re di Boemia ed imperatore di Germania, e per ben quattro secoli, la classe medica universitaria osteggiò la chirurgia considerata non dignitosa essendo una attività manuale.
    L'insegnamento della chirurgia nell'ambito della medicina prevedeva letture e dissertazioni e l'attività pratica dei chirurghi universitari si limitava all'esecuzione di interventi poco impegnativi e rischiosi quali la cura di ascessi, fistole, emorroidi, ferite, fratture e lussazioni, mentre gli interventi maggiori quali quelli per le ernie, la cataratta, i calcoli vescicali e la chirurgia plastica erano praticate dai cosidetti "empirici", mestieranti che si tramandavano l'arte di generazione in generazione, molti dei quali, tuttavia, seppero imporsi alla stima ed al rispetto della società per la loro perizia e dottrina, riunendosi anche in associazioni ed offrendo i loro servigi anche alle classi nobili.
    Gli "empirici" si dividevano nei chirurghi ambulanti, nei chirurghi barbieri e nei chirurghi delle ferite, compresi i carnefici.
    Nel contesto universitario i principali testi per le letture erano quelli di Galeno, Ippocrate ed Avicenna e l'insegnamento teorico si svolgeva in chiese, conventi e nelle case dei docenti.

    Un significativo passo avanti fu compiuto nel 1500 quando lo sviluppo del pensiero rinascimentale nelle scienze condusse alla ricerca anatomica basata su criteri moderni, cioè sulla dissezione dei cadaveri umani; maestro in questo campo fu Andrea Vesalio i cui studi diedero inizio all'epoca dei "chirurghi anatomici" che durò fino alla fine del 1700. Nonostante tutto ciò, la chirurgia universitaria rimase ancora molto limitata mentre quella empirica continuò indisturbata la propria attività.
    In questo periodo sono da ricordare alcuni chirurghi anatomici che si distinsero per la loro abilità.
    Il primo di costoro fu Gabriele Cuneo (seconda metà del XVI secolo), primo titolare della cattedra di Anatomia, che fece costruire il primo teatro anatomico dell'Università, per associare all'insegnamento pratico quello teorico.
    Dopo di lui, famosi lettori di anatomia che si dedicarono alla chirurgia sono Giovanni Battista Carcano Leone (1536-1606), che scrisse un importante trattato basato sulle osservazioni anatomiche fatte sul cadavere e sul vivo, e Gaspare Aselli (1581-1625), scopritore dei vasi chiliferi.
    Anche alcuni medici universitari si dedicarono alla chirurgia: fra questi Matteo Corti (1474-1564), che fu archiatra pontificio e della corte medicea, e Gerolamo Cardano (1501-1576), che si occupò con successo di medicina, filosofia, matematica, fisica e scrisse numerose opere; in campo urologico fu il primo ad eseguire la ureterostomia esterna e, pare, anche la nefrotomia.

    Quando nel 1714 il Ducato di Milano passò dalla dominazione spagnola a quella austriaca, vennero attuate importantissime e radicali riforme per il riordinamento dell'Università, il cui prestigio era andato riducendosi. Di tutto ciò si fece promotrice l'Imperatrice Maria Teresa: iniziò così uno dei periodi più prosperi per la nostra Università.
    Vennero ampliati e rinnovati gli edifici universitari con la costruzione di un nuovo Teatro anatomico e di un Museo patologico, vennero scelti insegnanti prestigiosi e venne adeguato il piano di studi ai progressi scientifici dell'epoca con grande spazio per l'attività pratica. Da questo grande rinnovamento trasse beneficio anche la chirurgia, tanto che delle cinque cattedre che costituivano gli insegnamenti della facoltà di Medicina, ben due furono di pertinenza chirurgica, e cioè quella di Anatomia ed Istituzioni Chirurgiche e quella di Operazioni Chirurgiche ed Arte Ostetricia.
    Scomparve così pian piano la chirurgia degli empirici per lasciare il posto a quella ufficiale dei chirurghi in possesso di un titolo universitario anche se non si trattava ancora di una Laurea ma di un titolo minore quale il Magistero e la Licenza.
Queste cattedre furono occupate da vari ed illustri professori. Ricordiamo Siro Menaliotti e dopo di lui Pietro Moscati (1739-1824), il quale fondò il Museo Patologico in cui vennero raccolti i pezzi patologici meritevoli di osservazione e divenne famoso per aver descritto la struttura dei tendini ed i loro raporti con i muscoli. A lui successe Giacomo Rezia (1745-1825) , il quale compì varie ricerche sulla circolazione arteriosa, sui vasi linfatici, sulla valvola ileo-cecale e occlusioni intestinali.

    Arriviamo così al 1783, anno in cui salì in cattedra Antonio Scarpa (1752-1832) che è ritenuto il fondatore e l'esponente più illustre della Scuola chirurgica pavese. Suo è il merito di aver portato la chirurgia dall'empirismo alla scienza, sul fondamento dell'anatomia e della patologia.
    In campo anatomico ricordiamo le sue scoperte inerenti all'orecchio interno e ai nervi simpatici che vanno al cuore, ma soprattutto la sua descrizione della regione che prese il nome di triangolo dello Scarpa. In campo chirurgico si dedicò in particolare allo studio delle ernie, del loro trattamento e delle loro complicanze che illustrò nella sua celebre opera "Sulle ernie - Memorie anatomo-chirurgiche". Altrettanto famosi sono i suoi studi sugli aneurismi e sulla legatura delle arterie degli arti, nonchè sul trattamento della calcolosi vescicale mediante cistotomia perineale. S'interessò anche di Oculistica e di Ortopedia nonchè del problema dei tumori.
    Famose sono le sue tavole anatomiche basate sulla fine dissezione ed ancora conservate presso il Museo per la Storia dell'Università di Pavia.
    Allo Scarpa va il merito della costruzione dei Musei di Anatomia Normale e di Anatomia Comparata nonchè l'istituzione della Cattedra di Clinica Chirurgica nel 1787.
    Per quanto concerne l'insegnamento della chirurgia, ottenne il permesso del governo di eseguire gli interventi anche su viventi e non solo su cadaveri, come era stato fino ad allora.
    Allo Scarpa succedettero dapprima Giuseppe Nessi (1741-1821)e poi Vincenzo Malacarne (1744-1816). Sempre in questo periodo è da ricordare la figura di Giovanni Alessandro Brambilla (1728-1800) il quale, pur non ricoprendo cariche universitarie, fu chirurgo militare pavese dell'esercito austriaco che divenne famoso non solo per la sua abilità ma anche perchè si dedicò al miglioramento dello strumentario chirurgico sul quale scrisse un'opera intitolata "Instrumentarium chirurgicum"; fece costruire delle raccolte di strumenti per i vari tipi di interventi, una dei quali denominata "Armanentario Chirurgico" è ancora oggi esposta al Museo per la Storia dell'Università di Pavia.

    Dal 1796 al 1814, periodo corrispondente alla Dominazione Napoleonica in Italia, l'Università di Pavia venne riconosciuta insieme a Bologna come Università della Repubblica Cisalpina; fu promulgato un nuovo piano di studi con un corso di Laurea per i medici ed uno per i chirurghi; nacque così la Laurea in Chirurgia.
    Le due principali cattedre di chirurgia furono quella di Istituzioni Chirurgiche ed Arte Ostetricia e quella di Clinica Chirurgica ed Operazioni Chirurgiche. I professori che le occuparono furono lo Scarpa, riconfermato dal nuovo governo, Tommaso Volpi, Giuseppe Iacopi, Giuseppe Nessi e Carlo Cairoli.
    Giuseppe Iacopi (1779-1813), allievo prediletto dello Scarpa, continuò con grande ingegno l'opera del suo maestro pubblicando un trattato di fisiologia ed anatomia comparata ed avrebbe potuto diventarne il degno successore se non fosse precocemente scomparso. Carlo Cairoli (1777-1849), anch'egli allievo dello Scarpa, fu uno dei più valenti e reputati chirurghi della sua epoca.

    Nel 1814, dopo il Congresso di Vienna, l'Austria rientrò in possesso di tutti gli antichi domini italiani e per l'Università di Pavia questo segnò un nuovo periodo di sviluppo. Furono promulgati nuovi ordinamenti degli studi universitari e la principale cattedra di chirurgia fu quella di Operazioni Chirurgiche e Terapia Speciale Chirurgica, che venne occupata successivamente dai seguenti professori: Nicola Morigi, Tommaso Volpi, Carlo Cairoli, Bartolomeo Signoroni, Agostino Molina e Luigi Porta.
    Luigi Porta (1800-1875) è da considerarsi come il diretto continuatore della scuola dello Scarpa. Egli non solo diede sviluppo all'aspetto anatomico ed anatomopatologico della chirurgia, ma promosse la fisiopatologia e la chirurgia sperimentale. Famose sono le sue preparazioni anatomiche dei circoli collaterali che si sviluppano per supplire all'allacciatura di una vena, tuttora conservati nel Museo dell'Università. Egli si occupò brillantemente dell'emostasi, della cura radicale delle varici con il metodo sclerosante, della fisiopatologia del periodo post-operatorio, della chirurgia della tiroide e di anestesia. Rinnovò lo strumentario chirugico per la calcolosi vescicale ed applicò il metodo anatomo-clinico sviluppato dal Malpighi e dal Morgagni alla chirurgia. Il Porta creò inoltre un proprio "Gabinetto di Anatomia e Patologia Chirurgica" ove raccolse i pezzi operatori e necroscopici più significativi della sua carriera che inizialmente andarono a costituire il Museo Porta e che ora sono conservati nel Museo per la Storia dell'Università di Pavia.

    Con la fondazione del Regno d'Italia, dopo le Guerre d'Indipendenza (1859-1861), per l'Università iniziò un nuovo periodo. L'ordinamento universitario italiano venne stabilito dalla Legge Casati (1859) e successivamente dalla Legge Gentile (1923), mantenendosi pressochè invariato fino ai nostri giorni.
    Con la riforma Casati venne istituita una Laurea unica in Medicina e Chirurgia, e l'insegnamento della chirurgia venne fondamentalmente impartito nelle seguenti tre Cattedre: Clinica Operativa (l'attuale Clinica Chirurgica), Patologia Speciale Chirurgica e Clinica Chirurgica (l'attuale Patologia chirurgica) e Medicina Operativa (l'attuale Anatomia chirurgica divenuta insegnamento complementare).
    Quando nel 1932 il vecchio Ospedale San Matteo, sito presso il Palazzo Centrale dell'Università, venne trasferito nel nuovo Policlinico, un intero padiglione fu assegnato agli Istituti di Clinica e di Patologia Chirurgica così come si presentano ai giorni nostri.

    A partire dalla seconda metà dell'800 iniziò la grande rivoluzione della chirurgia grazie all'introduzione nella pratica chirurgica dell'anestesia eterea (Morton e Warren, 1846) e di quella cloroformica (Simpson, 1847), dell'asepsi e dell'antisepsi (l'acido fenico di Lister, 1867 ed il calore di Pasteur, 1879), al miglioramento dello strumentario chirurgico ed all'ideazione delle pinze emostatiche (Pean e Kocher); iniziò così la pratica della chirurgia cavitaria dell'addome, del torace e del cranio, fino ad allora poco esercitate.
    Di tali sviluppi usufruì anche la Chirurgia Pavese che grazie alle brillanti menti che si avvicendarono alla guida della sua Scuola, divenne una delle più prestigiose di tutto il mondo.
    Dal 1859 grandi nomi si succedettero alla direzione della cattedre di Clinica e Patologia Chirurgica. Fra questi ricordiamo:

• Angelo Scarenzio (1831-1904), scopritore della cura della sifilide ed ideatore di vari tipi di plastiche cutanee;
• Edoardo Bassini (1844-1924), famoso per l'ideazione del metodo chirurgico per la cura dell'ernia inguinale che porta il suo nome;
• Enrico Bottini (1835-1903), che si dedicò con successo allo studio degli antisettici in chirurgia ed allo sviluppo della chirurgia del collo su cui scrisse un famoso trattato; in campo urologico ideò la resezione transureterale della prostata nell'ipertrofia prostatica mediante galvano caustica;
• Iginio Tansini (1855-1943), che fu tra i primi in Italia ad eseguire l'isterectomia subtotale e la resezione gastrica; egli ideò un metodo per la resezione epatica, una geniale tecnica di autoplastica dopo amputazione della mammella, la forcipressura del rene nella nefrectomia ed , in collaborazione a Giovanni Morone, un intervento per la cura del morbo di Banti al III stadio; si occupò anche dei meccanismi patogenetici delle neoplasie, mettendo in luce l'azione inibente dell'ischemia;
• Gaetano Fichera (1880-1935), famoso per i suoi studi sulla chirurgia delle arterie, sulla fisiopatologia dell'ipofisi, sull'ulcera gastrica e sulla colecisti della quale descrisse la forma cosidetta "a fragola"; notevoli furono i suoi studi dei tumori sui quali elaborò la "teoria dello squilibrio endocrino";
• Giovanni Morone (1880-1957), che fu tra i primi in Italia ad eseguire interventi di chirurgia toracica quali la decorticazione polmonare e la toracoplastica per gli empiemi pleurici; famosi i suoi studi sul trattamento chirurgico della tubercolosi polmonare, sulla chirurgia dei grossi vasi arteriosi e della patologia del collo, nonchè sulla microbiologia;
• Francesco Paolo Tinozzi (1894-1973), che si interessò con successo delle patologie dei vasi sanguigni, del sistema simpatico, degli organi ematopoietici, del sangue e dell'apparato digerente;
• Angelo Mazzucchelli (1839-1902), autore di importanti studi sulla sifilide muscolare e sulle infezioni chirurgiche; perfezionò la tecnica dell'isterectomia per via vaginale e della resezione gastroduodenale;
• Giuseppe Muscatello (1866-1951), che compì studi sull'assorbimento della sierosa peritoneale, sull'embolia, sulla trombosi, sulla sutura delle arterie, sui tumori del retto, sulla colelitiasi e sulle pancreatiti;
• Giovanni Perez (1873-1959), di cui ricordiamo gli studi sulle infezioni criptogeniche e sull'immunità, sulle batteriemie, sui carcinomi broncogeni e sulla splenectomia;
• Fedele Fedeli (1891-1961), che si interessò dei problemi riguardanti l'equilibrio elettrolitico del malato chirurgico e la fisiopatologia e la terapia delle vie biliari;
• Giuseppe Salvatore Donati (1902-1982), la cui attività si rivolse a quasi tutti i campi della chirurgia, dall'apparato digerente, in particolare nella terapia del cancro gastrico, a quello urinario, respiratorio, cardiovascolare e cardiochirurgico; fondò e diede vita al laboratorio di chirurgia sperimentale ed alla cattedra di chirurgia vascolare; tra i primi effettuò trapianti d'organo; nel 1952 fondò la Scuola di Specializzazione in Anestesia.

    Tutti i chirurghi ed i docenti di Chirurgia della Scuola pavese che hanno fatto seguito fino ai nostri giorni a questi grandi maestri, sono i diretti eredi del loro metodo, della loro abilità tecnica e della loro tradizione, che si impegnano a trasmettere alle generazioni dei giovani medici che si accingono a dedicarsi all'arte ed alla disciplina chirurgica.