John Hughlings Jackson nacque il 4 Aprile 1835 a Providence nello Yorkshire (Inghilterra).
    Figlio di un ricco proprietario terriero, compì i primi studi nelle scuole della contea. All'età di quindici anni fu messo a far pratica presso il Dr. Anderson, assistente presso la facoltà medica dell'Ospedale di York; quindi completò la sua formazione medica a Londra, presso la scuola di medicina del St. Bartholomew’s Hospital, dal 1855 al 1856.
    Ritornò a York dove venne assunto al Dispensario di York come assistente medico. Qui ebbe la ventura di lavorare con Thomas Laycock (1812-1856), i cui interessi erano il cervello, lo stato di coscienza, la parola espressa o scritta e che, per primo, considerò il cervello sottoposto alle leggi dell'azione riflessa.
    Jackson fu anche grandemente influenzato dalla teoria generale del progresso umano e dell'evoluzione cosmica e biologica espresse dal biologo e filosofo Herbert Spencer (1820-1903). Impressionato dalla lettura dei suoi scritti e soprattutto dal motto che aveva coniato, che cioè nell'evoluzione cosmica si ha la « survival of the fittest » (ossia sopravvivenza del più adatto), pensò di lasciare la medicina per la filosofia.
    Nel 1859 tornò a Londra ove conobbe Sir Jonathan Hutchinson (1828-1913), anche lui di York. Con il suo aiuto divenne giornalista medico. Fece parte dello staff del Metropolitan Free Hospital e divenne assistente di patologia, istologia e anatomia patologica alla Scuola Medica del London Hospital. Nel 1861 ottenne dall'Università scozzese di St. Andrews la laurea in Medicina. Nel 1863 entrò nello staff medico del London Hospital, ma l'incarico che maggiormente lo entusiasmò e stimolò la sua passione per la neurologia fu quello, nel 1862, di entrare nello staff medico del National Hospital for the Paralysed and Epileptic in Queen Square a Londra, ospedale fondato nel 1860 e diretto da Charles-Édouard Brown-Séquard (1817-1894). Non contento degli incarichi già assunti, entrò, sempre in quegli anni, nel Moorfields Eye Hospital, dove potè apprezzare e imparò l'uso dell'oftalmoscopio; poi nel Islington Dispensary, ma curò anche un suo studio medico per esercitare privatamente la professione.
    I primi scritti di Jackson riguardarono problemi di oculistica. Ritenendo che vi fossero relazioni tra la patologia oculare e le malattie dell'encefalo, Jackson dette una notevole importanza all'oftalmoscopio, strumento scoperto nel 1851 dallo scienziato tedesco Hermann von Helmholtz (1821-1894), come strumento di diagnostica anche neurologica.
    Il secondo campo di interesse fu l'epilessia. L'interessamento di Jackson a questo campo della neurologia fu certamente condizionato dalla sua situazione familiare (la moglie - sua cugina - era affetta da epilessia focale e morì in giovane età). Proprio dallo studio deli attacchi ai quali era soggetta la moglie Jackson ricavò buona parte delle informazioni che fornirono un notevole contributo alla diagnosi e alla comprensione del fenomeno epilettico in generale, ma soprattutto a quello somatomotorio, che fu poi chiamato, appunto, "epilessia jacksoniana". Contrariamente a quanto fino allora ritenuto, che cioé l'origine delle convulsioni fosse nella medulla oblongata, Jackson la fece risalire alla corteccia cerebrale motoria.
    Lo studio dell'epilessia lo portò a considerare che la corteccia cerebrale era suddivisa in aree e che ciascuna area controllava il movimento di una determinata regione del corpo. Queste sue considerazioni furono confermate sperimentalmente da vari ricercatori sull'animale mediante stimolazione con corrente galvanica della corteccia cerebrale [Theodor Fritsch (1838-1927) e Julius Eduard Hitzig (1838-1907)], e soprattutto da David Ferrier (1843-1928), ma non da lui stesso, in quanto è risaputo che Jackson personalmente non eseguì mai esperimenti né usò mai il microscopio. Nel 1864 Jackson fu in grado di confermare quanto il francese Paul Broca aveva appena scoperto, che cioé il centro del linguaggio parlato, nei destrimani, era collocato in una precisa area dell'emisfero cerebrale sinistro e vice versa. Infatti, egli constatò che il disturbo del linguaggio era associato, nella maggioranza dei casi, a lesioni dell'emisfero cerebrale sinistro.
    Nel 1878 Jackson, insieme a Sir John Charles Bucknill (1840-1897), Sir James Crichton-Brown (1840-1938) e David Ferrier fondò la famosa rivista scientifica "Brain".
    Dopo aver ottenuto numerosi premi ed onorificenze, lasciando una vasta produzione scientifica. si spense a Londra il 7 Ottobre 1911.