Il Settecento: il secolo dell'Arcadia e del Rococò, dei cavalieri in parrucca e farsetto, degli abati galanti e degli svenevoli minuetti. Ma anche il secolo dei "Lumi", che vede grandi progressi in campo scientifico e filosofico grazie al maggior spirito di tolleranza nella vita intellettuale e religiosa. Le concezioni filosofiche imperanti, l'empirismo di Locke, il materialismo dei francesi, Voltaire e gli Enciclopedisti, lo scetticismo di Hume, hanno tutte come base l'osservazione della natura predicata da Bacone e Galileo nel Seicento. Le Scienze Naturali risentirono fortemente di questi nuovi indirizzi. Caratteristica è la tendenza enciclopedica: i naturalisti del secolo XVIII cercano di estendere le loro conoscenze quanto più è possibile. Fortissima è la necessità di generalizzare, di trovare leggi e teorie per sostituire gli antichi sistemi organici ormai inadeguati. La ricerca di un sistema unitario e ordinato di classificazione dei fatti e delle osservazioni sugli organismi, per ottenere finalmente una visione organica della molteplicità dei fenomeni, trova il suo compimento nella grande opera di Linneo. Tramontano le Wunderkammern, depositarie dell’antica scienza seicentesca, a metà tra collezionismo, magia e spettacolo, e sorgono i primi veri Musei di Storia Naturale, sedi e strumento di ricerca scientifica e di trasmissione culturale. Le sorprendenti scoperte dei microscopisti, le nuove tecnologie, le esplorazioni geografico-naturalistiche, l'aumentata circolazione d’idee, aprono la strada alle ricerche di famosi scienziati, tra cui spiccano A. Vallisneri, R.A. Rèaumur, A. Trembley, i De Jussien, P.L. Maupertuis, J.I. Needham, C. Bonnet, G. L. Leclerc de Buffon e il nostro Lazzaro Spallanzani, il primo a "canonizzare" il metodo sperimentale nella ricerca biologica.

Carl von Linnè (1707-1778), scienziato svedese noto come Linneo, è il grande Sistematico del Settecento e il creatore della moderna nomenclatura biologica.

Caratteristiche fondamentali di Linneo sono il suo spiccato senso dell'ordine e la profonda religiosità, presenti in tutte le sue opere. Rivelare all'umanità in modo ordinato tutto quanto era stato creato da Dio, classificando gli organismi allora noti in gruppi principali, fu la missione della sua vita.
La mente di Linneo era pratica e realistica e percepiva in modo diretto le caratteristiche concrete ed osservabili dei particolari.
Nel suo Systema Naturae del 1758 egli classificò oltre 4000 animali, utilizzando una "classificazione artificiale" degli organismi, basata su caratteri esterni ed evidenti, come, per esempio, la disposizione dei denti nei Mammiferi, il tipo di becco e zampe negli Uccelli, o la posizione delle pinne nei Pesci.
Così si raggruppavano insieme organismi che avevano almeno un carattere comune, facilmente riscontrabile, pur differendo tra loro per altri particolari. Questo metodo, o sistema, era inoltre più conveniente e rapido per l’identificazione di vegetali e di animali.
Merito grandissimo dello svedese fu l’aver ideato la nomenclatura binomiale per le piante e gli animali, che attribuisce due nomi latini a ciascun organismo: il primo nome si riferisce al genere di appartenenza dell’organismo ed è uguale per tutte le specie che condividono alcuni caratteri principali (nomen genericum); il secondo termine, che è spesso descrittivo, designa la specie propriamente detta (nomen triviale o nome specifico).
 
 

Nel Cinquecento e nel Seicento fiorirono in tutta Europa numerose Wunderkammern o "camere delle meraviglie", progenitrici dei futuri musei ed appartenenti a personalità dell’aristocrazia, della cultura, del clero e della vita politica del tempo. In poche stanze, lontano dalla vista della gente comune, venivano raccolti e collocati, in appositi arredi o appesi al soffitto, reperti naturali, preferibilmente esotici e bizzarri, i cosiddetti Naturalia, accanto a curiosi artefatti e oggetti artistici, ossia gli Artificialia, manifestazioni della capacità modificatrice dell’uomo sulla natura.
La ricerca del meraviglioso e il desiderio di ricostruire artificialmente un piccolo teatro del mondo erano alla base delle camere delle meraviglie e chi le visitava faceva un’esperienza non di tipo scientifico, ma estetico. Molte di queste collezioni erano disposte infatti secondo criteri di simmetria o di contrasti, privilegiando certe serie su altre, o in base a semplici criteri estetici personali: il loro aspetto risultava spesso sorprendente e di grande effetto.
Tipici esempi di Wunderkammern italiane furono la collezione del marchese Ferdinando Cospi, poi unita al Museo dello scienziato Ulisse Aldrovandi a Bologna, di Ferrante Imperato a Napoli, di Francesco Calzolari a Verona, di Lodovico Moscardo a Padova, del gesuita Athanasius Kircher a Roma e di Manfredo Settala a Milano.

La moda collezionistica proseguì nel Settecento, ma le raccolte di questo periodo esclusero le curiosità artificiali e tesero alla completezza delle serie, trasformandosi via via in strumenti di lavoro scientifico. I reperti naturali, radunati in serie monotematiche, erano spesso ordinati seguendo i metodi dei principali trattati sistematici del tempo, ricchi di tavole illustrate per la rapida identificazione dei reperti.