Il dottorato intrattiene rapporti di collaborazione con diversi soggetti pubblici e privati. Si segnalano in particolare:

L’Associazione Universitaria di Studi Europei (AUSE)

Il Centro Altiero Spinelli – Per l’Europa dei popoli e la pace nel mondo – Polo di eccellenza Jean Monnet dell'Universita' di Roma "La Sapienza"

Il Centro di Ricerca sull'Integrazione Europea dell’Universita' di Siena

Il Centro studi di politica estera e opinione pubblica della Facolta' di Lettere e Filosofia dell’Università degli Studi di Milano

Il Centro studi sul federalismo, Moncalieri (TO)

Il Centro Studi sull'Unione Europea dell’Universita' di Pavia

Il Collegio Ghislieri di Pavia

Le Facoltà di Scienze Politiche delle Universita' degli Studi di Firenze e del Piemonte Orientale A. Avogadro

La Fondazione europea Luciano Bolis, Milano-Pavia

L'Istituto per la scienza dell'amministrazione pubblica – Milano

Dal 2011 è operativo un accordo di collaborazione internazionale con l’École Pratique des Hautes Études(EPHE)di Parigi (ecoledoctorale@ephe.sorbonne.fr) che prevede scambio di docenti, ricercatori e dottorandi, cooperazione scientifica nell’area storica e mutuo riconoscimento di corsi di studio e certificazioni accademiche.